MEGAN 2.0 lấy bối cảnh 2 năm sau các sự kiện ở phần 1. Lúc này, Gemma phát hiện công nghệ sản xuất MEGAN đã bị đánh cắp. Kẻ gian đã tạo ra một robot AI khác với chức năng tương tự MEGAN, nhưng được trang bị sức mạnh chiến đấu "khủng" hơn mang tên Amelia. Để "đối đầu" với Amelia, Gemma buộc phải "hồi sinh" và cải tiến MEGAN, hứa hẹn một trận chiến "nảy lửa" trên màn ảnh vào năm 2025.